March 08, 2024
José Dolz
Professeur
Department
Département de génie logiciel et des TI
Degrees
B.Sc., M.Sc. (Université polytechnique de Valence), Ph.D. (Université de Lille 2)
Office
A-3417
Email
Research axes
- Technologies de la santé
- Technologies de l’information et des communications
Areas of expertise
- Segmentation d’images
- Analyse d’images médicales
- Apprentissage machine
- Apprentissage profond
- Apprentissage faiblement supervisé
- Vision par ordinateur
Course
Supervision
- En codirection avec : Dolz, Jose
Combinaison du "prompt-driven learning" et du "few-shot parameter-efficient fine-tuning" dans le cadre des modèles de fondation pour la segmentation médicale, par Leclercq,Arthur
Automne 2023 - En codirection avec : Dolz, Jose
Augmenter l’adaptabilité inter-domaines des modèles de segmentation d’images à l’aide de pseudo-labels optimisés par des seuils de binarisation individuels, par Bruneton,Jauffray
Été 2020 - En codirection avec : Dolz, Jose
Design assistant à base de langage naturel (NLP/LLMs), par Viera,Baptiste
Hiver 2024
- En codirection avec : Dolz, Jose
Augmentations de données acquises par ultra-sons dans le cadre d'entraînements de modèle de segmentation en contrôle non destructif, par Billet,Léa
Été 2024
- En codirection avec : Dolz, Jose
Augmentation de données pour réseaux de neurones dans le domaine du contrôle non destructif sur des images acquises par ultrason, par Billet,Léa
Été 2024 - En codirection avec : Dolz, Jose
Implémentation d'un système de diagnostic intelligent à partir de mesures du mouvement des yeux, par Diot,Tiphaine
Été 2020 - En codirection avec : Dolz, Jose
Développement d’un moteur de recherche et d’un système de recommandation pour une plateforme e-commerce avec des techniques d’apprentissage machine, par Thouant,Elias
Été 2022 - En codirection avec : Dolz, Jose
Passage à l’échelle de modèles d’apprentissage incrémental basés sur la mémoire humaine, par Galliere,Julie
Été 2021 - En codirection avec : Dolz, Jose
Analyse et reconstruction de l'état de la mer par apprentissage automatisé : application aux voiliers de compétition, par Gabriel,Ronan
Hiver 2024 - En codirection avec : Dolz, Jose
Logiciel de détection par intelligence artificielle dans le cadre de recherche de victimes en montagne, par Mathieu,Timothée
Hiver 2024
- En codirection avec : Dolz, Jose
Test Time Adaptation and Train Time Generalization, par Murugesan,Balamurali
Été 2024 - En codirection avec : Dolz, Jose
Noenatal brain assessment from brain MRI, par Beizaee,Farzad
Été 2024 - En codirection avec : Desrosiers, Christian
Privacy Preservation in Medical Image Analysis, par Kim,Ngoc Bach
Automne 2023 - En codirection avec : Dolz, Jose
Novel Continual Test-Time Adaptation Methods for Deep Models, par Mishra,Shambhavi
Été 2024 - En codirection avec : Lombaert, Hervé
Learning with Uncertainty in Medical Image Segmentation, par Adiga Vasudeva,Sukesh
Été 2024 - En codirection avec : Dolz, Jose
Generalized Few-Shot Learning, par Hajimiri,Seyed Mohammadsina
Été 2024
- En codirection avec : Dolz, Jose
Étude sur les modèles multi-modaux entrainés à large échelle dans le contexte médical, par Djomby,Damien
Hiver 2024 - En codirection avec : Dolz, Jose
Segmentation d’images médicales semi-supervisée par curriculum via l’inférence des boîtes englobantes, par Cyusa Mukama,Bruce
Automne 2021 - En codirection avec : Dolz, Jose
On Domain-Incremental Learning Methods and its Applications to Forgery Detection, par Nicolas,Julien
Été 2023
Publications
- Sukesh Adiga V, Jose Dolz, Herve Lombaert. 2024 « Anatomically-aware uncertainty for semi-supervised image segmentation ». Medical Image Analysis vol. 91
- Bingyuan Liu, Jose Dolz, Adrian Galdran, Riadh Kobbi, Ismail Ben Ayed. 2024 « Do we really need dice? The hidden region-size biases of segmentation losses ». Medical Image Analysis vol. 91
- Farzad Beizaee, Michele Bona, Christian Desrosiers, Jose Dolz, Gregory Lodygensky. 2023 « Determining regional brain growth in premature and mature infants in relation to age at MRI using deep neural networks ». Scientific Reports vol. 13 , nº 1
- Bingyuan Liu, Christian Desrosiers, Ismail Ben Ayed, Jose Dolz. 2023 « Segmentation with mixed supervision: Confidence maximization helps knowledge distillation ». Medical Image Analysis vol. 83
- Balamurali Murugesan, Bingyuan Liu, Adrian Galdran, Ismail Ben Ayed, Jose Dolz. 2023 « Calibrating segmentation networks with margin-based label smoothing ». Medical Image Analysis vol. 87
- Sukesh Adiga V, Jose Dolz, Herve Lombaert. 2022 « Attention-based dynamic subspace learners for medical image analysis ». IEEE Journal of Biomedical and Health Informatics vol. 26 , nº 9. p. 4599-4610
- Mathilde Bateson, Hoel Kervadec, Jose Dolz, Hervé Lombaert, Ismail Ben Ayed. 2022 « Source-free domain adaptation for image segmentation ». Medical Image Analysis vol. 82
- Soufiane Belharbi, Jérôme Rony, Jose Dolz, Ismail Ben Ayed, Luke McCaffrey, Eric Granger. 2022 « Deep interpretable classification and weakly-supervised segmentation of histology images via max-min uncertainty ». IEEE Transactions on Medical Imaging vol. 41 , nº 3. p. 702-714
- A. Galdran, H. Chakor, W. Kabir, R. Kobbi, B. Liu, J. Dolz, I. Ben Ayed. 2022 « An automatic deep learning-based system for screening and management of DME ». Diabetes Research and Clinical Practice vol. 186 , nº Suppl. 1. p. 4-5
- Adrian Galdran, André Anjos, José Dolz, Hadi Chakor, Hervé Lombaert, Ismail Ben Ayed. 2022 « State-of-the-art retinal vessel segmentation with minimalistic models ». Scientific Reports vol. 12 , nº 1
- Le Thanh Nguyen-Meidine, Madhu Kiran, Marco Pedersoli, Jose Dolz, Louis-Antoine Blais-Morin, Eric Granger. 2022 « Incremental multi-target domain adaptation for object detection with efficient domain transfer ». Pattern Recognition vol. 129
- Gaurav Patel, Jose Dolz. 2022 « Weakly supervised segmentation with cross-modality equivariant constraints ». Medical Image Analysis vol. 77
- Julio Silva-Rodríguez, Valery Naranjo, Jose Dolz. 2022 « Constrained unsupervised anomaly segmentation ». Medical Image Analysis vol. 80
- Mark G. Bandyk, Dheeraj R. Gopireddy, Chandana Lall, K. C. Balaji, Jose Dolz. 2021 « MRI and CT bladder segmentation from classical to deep learning based approaches: Current limitations and lessons ». Computers in Biology and Medicine vol. 134
- M. Bateson, J. Dolz, H. Kervadec, H. Lombaert, I. Ben Ayed. 2021 « Constrained domain adaptation for image segmentation ». IEEE Transactions on Medical Imaging vol. 40 , nº 7. p. 1875-1887
- Hoel Kervadec, Jihene Bouchtiba, Christian Desrosiers, Eric Granger, José Dolz, Ismail Ben Ayed. 2021 « Boundary loss for highly unbalanced segmentation ». Medical Image Analysis vol. 67
- Bach Ngoc Kim, Jose Dolz, Pierre-Marc Jodoin, Christian Desrosiers. 2021 « Privacy-net: An adversarial approach for identity-obfuscated segmentation of medical images ». IEEE Transactions on Medical Imaging vol. 40 , nº 7. p. 1737-1749
- Le Thanh Nguyen-Meidine, Atif Belal, Madhu Kiran, Jose Dolz, Louis-Antoine Blais-Morin, Eric Granger. 2021 « Knowledge distillation methods for efficient unsupervised adaptation across multiple domains ». Image and Vision Computing vol. 108
- Julio Silva-Rodriguez, Adrián Colomer, Jose Dolz, Valery Naranjo. 2021 « Self-learning for weakly supervised gleason grading of local patterns ». IEEE Journal of Biomedical and Health Informatics vol. 25 , nº 8. p. 3094-3104
- Ashish Sinha, José Dolz. 2021 « Multi-scale self-guided attention for medical image segmentation ». IEEE Journal of Biomedical and Health Informatics vol. 25 , nº 1. p. 121-130
- Yang Ding, Ronaldo Acosta, Vicente Enguix, Sabrina Suffren, Janosch Ortmann, David Luck, Jose Dolz, Gregory A. Lodygensky. 2020 « Using deep convolutional neural networks for neonatal brain image segmentation ». Frontiers in Neuroscience vol. 14
- Jose Dolz, Christian Desrosiers, Li Wang, Jing Yuan, Dinggang Shen, Ismail Ben Ayed. 2020 « Deep CNN ensembles and suggestive annotations for infant brain MRI segmentation ». Computerized Medical Imaging and Graphics vol. 79
- Adrian Galdran, Jihed Chelbi, Riadh Kobi, José Dolz, Hervé Lombaert, Ismail Ben Ayed, Hadi Chakor. 2020 « Non-uniform label smoothing for diabetic retinopathy grading from retinal fundus images with deep neural networks ». Translational Vision Science and Technology vol. 9 , nº 2
- Jizong Peng, Hoel Kervadec, Jose Dolz, Ismail Ben Ayed, Marco Pedersoli, Christian Desrosiers. 2020 « Discretely-constrained deep network for weakly supervised segmentation ». Neural Networks vol. 130. p. 297-308
- Jose Dolz, Karthik Gopinath, Jing Yuan, Herve Lombaert, Christian Desrosiers, Ismail Ben Ayed. 2019 « HyperDense-Net: A hyper-densely connected CNN for multi-modal image segmentation ». IEEE Transactions on Medical Imaging vol. 38 , nº 5. p. 1116-1126
- Hoel Kervadec, Jose Dolz, Meng Tang, Éric Granger, Yuri Boykov, Ismail Ben Ayed. 2019 « Constrained-CNN losses for weakly supervised segmentation ». Medical Image Analysis vol. 54. p. 88-99
- Li Wang, Dong Nie, Li Guannan, Élodie Puybareau, Jose Dolz, Qian Zhang, Fan Wang, Jing Xia, Zhengwang Wu, Jia-Wei Chen, Kim-Han Thung, Toan Duc Bui, Jitae Shin, Guodong Zeng, Guoyan Zheng, Vladimir S. Fonov, Andrew Doyle, Yongchao Xu, Pim Moeskops, Josien P. W. Pluim, Christian Desrosiers, Ismail Ben Ayed, Gerard Sanroma, Oualid M. Benkarim, Adrià Casamitjana, Verónica Vilaplana, Weili Lin, Gang Li, Dinggang Shen. 2019 « Benchmark on automatic six-month-old infant brain segmentation algorithms: the iSeg-2017 challenge ». IEEE Transactions on Medical Imaging vol. 38 , nº 9. p. 2219-2230
- Xiaopan Xu, Xi Zhang, Qian Tian, Huanjun Wang, Long-Biao Cui, Shurong Li, Xing Tang, Baojun Li, Jose Dolz, Ismail Ben Ayed, Zhengrong Liang, Jing Yuan, Peng Du, Hongbing Lu, Yang Liu. 2019 « Quantitative identification of nonmuscle-invasive and muscle-invasive bladder carcinomas: a multiparametric MRI radiomics analysis ». Journal of Magnetic Resonance Imaging vol. 49 , nº 5. p. 1489-1498
- Aaron Carass, Jennifer L. Cuzzocreo, Shuo Han, Carlos R. Hernandez-Castillo, Paul E. Rasser, Melanie Ganz, Vincent Beliveau, Jose Dolz, Ismail Ben Ayed, Christian Desrosiers, Benjamin Thyreau, José E. Romero, Pierrick Coupé, José V. Manjón, Vladimir S. Fonov, D. Louis Collins, Sarah H. Ying, Chiadi U. Onyike, Deana Crocetti, Bennett A. Landman, Stewart H. Mostofsky, Paul M. Thompson, Jerry L. Prince. 2018 « Comparing fully automated state-of-the-art cerebellum parcellation from magnetic resonance images ». NeuroImage vol. 183. p. 150-172
- Jose Dolz, Christian Desrosiers, Ismail Ben Ayed. 2018 « 3D fully convolutional networks for subcortical segmentation in MRI: A large-scale study ». NeuroImage vol. 170. p. 456-470
- Jose Dolz, Xiaopan Xu, Jérôme Rony, Jing Yuan, Yang Liu, Éric Granger, Christian Desrosiers, Xi Zhang, Ismail Ben Ayed, Hongbing Lu. 2018 « Multiregion segmentation of bladder cancer structures in MRI with progressive dilated convolutional networks ». Medical Physics vol. 45 , nº 12. p. 5482-5493
- Tobias Fechter, Sonja Adebahr, Dimos Baltas, Ismail Ben Ayed, Christian Desrosiers, Jose Dolz. 2017 « Esophagus segmentation in CT via 3D fully convolutional neural network and random walk ». Medical Physics vol. 44 , nº 12. p. 6341-6352
- J. Dolz, H. A. Kirisli, T. Fechter, S. Karnitzki, O. Oehlke, U. Nestle, M. Vermandel, L. Massoptier. 2016 « Interactive contour delineation of organs at risk in radiotherapy: clinical evaluation on NSCLC patients ». Medical Physics vol. 43 , nº 5. p. 2569-2580
- Jose Dolz, Nacim Betrouni, Mathilde Quidet, Dris Kharroubi, Henri A. Leroy, Nicolas Reyns, Laurent Massoptier, Maximilien Vermandel. 2016 « Stacking denoising auto-encoders in a deep network to segment the brainstem on MRI in brain cancer patients: A clinical study ». Computerized Medical Imaging and Graphics vol. 52. p. 8-18
- Ismail Ben Ayed, Christian Desrosiers, Jose Dolz. 2019 « Tutorial : Weakly supervised CNN segmentation: Models and optimization ». Communication lors de la conférence : Medical Image Computing and Computer Assisted Intervention (MICCAI) (Shenzen, China, Oct. 13-17, 2019)
- Julio Silva-Rodriguez, Jihed Chelbi, Waziha Kabir, Hadi Chakor, Jose Dolz, Ismail Ben Ayed, Riadh Kobbi. 2024 « Exploring the transferability of a foundation model for fundus images: Application to hypertensive retinopathy ».
- Sukesh Adiga Vasudeva, Jose Dolz, Herve Lombaert. 2023 « GeoLS: Geodesic label smoothing for image segmentation ».
- Farzad Beizaee, Christian Desrosiers, Gregory A. Lodygensky, Jose Dolz. 2023 « Harmonizing flows: Unsupervised MR harmonization based on normalizing flows ».
- Florent Chiaroni, Jose Dolz, Ziko Imtiaz Masud, Amar Mitiche, Ismail Ben Ayed. 2023 « Parametric information maximization for generalized category discovery ».
- Sina Hajimiri, Malik Boudiaf, Ismail Ben Ayed, Jose Dolz. 2023 « A strong baseline for generalized few-shot semantic segmentation ».
- Bach Ngoc Kim, Jose Dolz, Pierre-Marc Jodoin, Christian Desrosiers. 2023 « Mixup-privacy: A simple yet effective approach for privacy-preserving segmentation ».
- Agostina J. Larrazabal, César Martínez, José Dolz, Enzo Ferrante. 2023 « Maximum entropy on erroneous predictions: Improving model calibration for medical image segmentation ».
- Bingyuan Liu, Jérôme Rony, Adrian Galdran, Jose Dolz, Ismail Ben Ayed. 2023 « Class adaptive network calibration ».
- Balamurali Murugesan, Sukesh Adiga Vasudeva, Bingyuan Liu, Herve Lombaert, Ismail Ben Ayed, Jose Dolz. 2023 « Trust your neighbours: Penalty-based constraints for model calibration ».
- Julio Silva-Rodríguez, José Dolz, Ismail Ben Ayed. 2023 « Towards foundation models and few-shot parameter-efficient fine-tuning for volumetric organ segmentation ».
- Sukesh Adiga Vasudeva, Jose Dolz, Herve Lombaert. 2022 « Leveraging labeling representations in uncertainty-based semi-supervised segmentation ».
- H. Kervadec, J. Dolz, J. Yuan, C. Desrosiers, E. Granger, I. Ben Ayed. 2022 « Constrained deep networks: Lagrangian optimization via Log-barrier extensions ».
- Bingyuan Liu, Ismail Ben Ayed, Adrian Galdran, Jose Dolz. 2022 « The devil is in the margin: Margin-based label smoothing for network calibration ».
- Martin Van Waerebeke, Gregory Lodygensky, Jose Dolz. 2022 « On the pitfalls of entropy-based uncertainty for multi-class semi-supervised segmentation ».
- Reza Azad, Abdur R. Fayjie, Claude Kauffmann, Ismail Ben Ayed, Marco Pedersoli, Jose Dolz. 2021 « On the texture bias for few-shot CNN segmentation ».
- Malik Boudiaf, Hoel Kervadec, Ziko Imtiaz Masud, Pablo Piantanida, Ismail Ben Ayed, Jose Dolz. 2021 « Few-shot segmentation without meta-learning: A good transductive inference is all you need? ».
- Jose Dolz, Christian Desrosiers, Ismail Ben Ayed. 2021 « Teach me to segment with mixed supervision: Confident students become masters ».
- Gabriel Garcia, Adrian Colomer, Rafael Verdu-Monedero, Jose Dolz, Valery Naranjo. 2021 « A self-training framework for glaucoma grading in OCT B-scans ».
- Hoel Kervadec, Houda Bahig, Laurent Letourneau-Guillon, Jose Dolz, Ismail Ben Ayed. 2021 « Beyond pixel-wise supervision: semantic segmentation with higher-order shape descriptors ».
- Bach Ngoc Kim, Jose Dolz, Christian Desrosiers, Pierre-Marc Jodoin. 2021 « Privacy preserving for medical image analysis via non-linear deformation proxy ».
- Agostina J. Larrazabal, César Martínez, Jose Dolz, Enzo Ferrante. 2021 « Orthogonal ensemble networks for biomedical image segmentation ».
- L. T. Nguyen-Meidine, A. Belal, M. Kiran, J. Dolz, L. A. Blais-Morin, E. Granger. 2021 « Unsupervised multi-target domain adaptation through knowledge distillation ».
- Mathilde Bateson, Hoel Kervadec, José Dolz, Hervé Lombaert, Ismail Ben Ayed. 2020 « Source-relaxed domain adaptation for image segmentation ».
- Malik Boudiaf, Ziko Imtiaz Masud, Jérôme Rony, Jose Dolz, Pablo Piantanida, Ismail Ben Ayed. 2020 « Transductive information maximization for few-shot learning ».
- Adrian Galdran, Jose Dolz, Hadi Chakor, Hervé Lombaert, Ismail Ben Ayed. 2020 « Cost-sensitive regularization for diabetic retinopathy grading from eye fundus images ».
- Hoel Kervadec, Jose Dolz, Shanshan Wang, Eric Granger, Ismail Ben Ayed. 2020 « Bounding boxes for weakly supervised segmentation: Global constraints get close to full supervision ».
- Nguyen-Meidine Le Thanh, Eric Granger, Madhu Kiran, Jose Dolz, Louis-Antoine Blais-Morin. 2020 « Joint progressive knowledge distillation and unsupervised domain adaptation ».
- Georg Pichler, Jose Dolz, Ismail Ben Ayed, Pablo Piantanida. 2020 « On direct distribution matching for adapting segmentation networks ».
- Imtiaz Masud Ziko, Jose Dolz, Eric Granger, Ismail Ben Ayed. 2020 « Laplacian regularized few-shot learning ».
- Mathilde Bateson, Hoel Kervadec, Jose Dolz, Hervé Lombaert, Ismail Ben Ayed. 2019 « Constrained domain adaptation for segmentation ».
- Jose Dolz, Ismail Ben Ayed, Christian Desrosiers. 2019 « Dense multi-path U-Net for ischemic stroke lesion segmentation in multiple image modalities ».
- Jose Dolz, Christian Desrosiers, Ismail Ben Ayed. 2019 « IVD-Net: intervertebral disc localization and segmentation in MRI with a multi-modal UNet ».
- Hoel Kervadec, Jihene Bouchtiba, Christian Desrosiers, Eric Granger, Jose Dolz, Ismail Ben Ayed. 2019 « Boundary loss for highly unbalanced segmentation ».
- Hoel Kervadec, Jose Dolz, Éric Granger, Ismail Ben Ayed. 2019 « Curriculum semi-supervised segmentation ».
- Jose Dolz, Ismail Ben Ayed, Yuan Jing, Christian Desrosiers. 2018 « Isointense infant brain segmentation with a hyper-dense connected convolutional neural network ».
- Aarush Gupta, Dakshit Agrawal, Hardik Chauhan, Jose Dolz, Marco Pedersoli. 2018 « An attention model for group-level emotion recognition ».
- Hoel Kervadec, Jose Dolz, Meng Tang, Éric Granger, Yuri Boykov, Ismail Ben Ayed. 2018 « Constrained-CNN losses for weakly supervised segmentation ».
- Jose Dolz, Ismail Ben Ayed, Christian Desrosiers. 2017 « DOPE: distributed optimization for pairwise energies ».
- Jose Dolz, Ismail Ben Ayed, Christian Desrosiers. 2017 « Unbiased shape compactness for segmentation ».
- J. Dolz, H. A. Leroy, N. Reyns, L. Massoptier, M. Vermandel. 2015 « A fast and fully automated approach to segment optic nerves on MRI and its application to radiosurgery ».
December 13, 2021
Learning to Segment from a Single Example
December 02, 2020